Penelitian arkeologi menunjukkan bahwa Jepang telah dihuni manusia purba setidaknya 600.000 tahun yang lalu, pada masa Paleolitik Bawah. Setelah beberapa zaman es yang terjadi pada masa jutaan tahun yang lalu, Jepang beberapa kali terhubung dengan daratan Asia melalui jembatan darat (dengan Sakhalin di utara, dan kemungkinan Kyushu di selatan), sehingga memungkinkan perpindahan manusia, hewan, dan tanaman ke kepulauan Jepang dari wilayah yang kini merupakan Republik Rakyat Cina dan Korea. Zaman Paleolitik Jepang menghasilkan peralatan bebatuan yang telah dipoles yang pertama di dunia, sekitar tahun 30.000 SM.
Dengan berakhirnya zaman es terakhir dan datangnya periode yang lebih hangat, kebudayaan Jomon muncul pada sekitar 11.000 SM, yang bercirikan gaya hidup pemburu-pengumpul semi-sedenter Mesolitik hingga Neolitik dan pembuatan kerajinan tembikar terawal di dunia. Diperkirakan bahwa penduduk Jomon merupakan nenek moyang suku Proto-Jepang dan suku Ainu masa kini.
Dimulainya periode Yayoi pada sekitar 300 SM menandai kehadiran teknologi-teknologi baru seperti bercocok tanam padi di sawah yang berpengairan dan teknik pembuatan perkakas dari besi dan perunggu yang dibawa serta migran-migran dari Cina atau Korea.
Dalam sejarah Cina, orang Jepang pertama kali disebut dalam naskah sejarah klasik, Buku Han yang ditulis tahun 111. Setelah periode Yayoi disebut periode Kofun pada sekitar tahun 250, yang bercirikan didirikannya negeri-negeri militer yang kuat. Menurut Catatan Sejarah Tiga Negara, negara paling berjaya di kepulauan Jepang waktu itu adalah Yamataikoku.
Zaman Klasik
Bagian sejarah Jepang meninggalkan dokumen tertulis dimulai pada abad ke-5 dan abad ke-6 Masehi, saat sistem tulisan Tionghoa, agama Buddha, dan kebudayaan Cina lainnya dibawa masuk ke Jepang dari Kerajaan Baekje di Semenanjung Korea. Perkembangan selanjutnya Buddhisme di Jepang dan seni ukir rupang sebagian besar dipengaruhi oleh Buddhisme Cina. Walaupun awalnya kedatangan agama Buddha ditentang penguasa yang menganut Shinto, kalangan yang berkuasa akhirnya ikut memajukan agama Buddha di Jepang, dan menjadi agama yang populer di Jepang sejak zaman Asuka.
Jepang dapat mengusir dua kali invasi Mongol ke Jepang (1274 dan 1281)
Gambar1 : Jepang dapat mengusir dua kali invasi Mongol ke Jepang (1274 dan 1281)
Periode Nara pada abad ke-8 menandai sebuah negeri Jepang dengan kekuasaan yang tersentralisasi. Ibu kota dan istana kekaisaran berada di Heijo-kyo (kini Nara). Pada zaman Nara, Jepang secara terus menerus mengadopsi praktik administrasi pemerintahan dari Cina. Salah satu pencapaian terbesar sastra Jepang pada zaman Nara adalah selesainya buku sejarah Jepang yang disebut Kojiki (712) dan Nihon Shoki (720).
Pada tahun 784, Kaisar Kammu memindahkan ibu kota ke Nagaoka-kyō, dan berada di sana hanya selama 10 tahun. Setelah itu, ibu kota dipindahkan kembali ke Heian-kyō (kini Kyoto). Kepindahan ibu kota ke Heian-kyō mengawali periode Heian yang merupakan masa keemasan kebudayaan klasik asli Jepang, terutama di bidang seni, puisi dan sastra Jepang. Hikayat Genji karya Murasaki Shikibu dan lirik lagu kebangsaan Jepang Kimi ga Yo berasal dari periode Heian.
Zaman Pertengahan
Abad pertengahan di Jepang merupakan zaman feodalisme yang ditandai oleh perebutan kekuasaan antarkelompok penguasa yang terdiri dari ksatria yang disebut samurai. Pada tahun 1185, setelah menghancurkan klan Taira yang merupakan klan saingan klan Minamoto, Minamoto no Yoritomo diangkat sebagai shogun, dan menjadikannya pemimpin militer yang berbagi kekuasaan dengan Kaisar. Pemerintahan militer yang didirikan Minamoto no Yoritomo disebut Keshogunan Kamakura karena pusat pemerintahan berada di Kamakura (di sebelah selatan Yokohama masa kini). Setelah wafatnya Yoritomo, klan Hōjō membantu keshogunan sebagai shikken, yakni semacam adipati bagi para shogun. Keshogunan Kamakura berhasil menahan serangan Mongol dari wilayah Cina kekuasaan Mongol pada tahun 1274 dan 1281. Meskipun secara politik terbilang stabil, Keshogunan Kamakura akhirnya digulingkan oleh Kaisar Go-Daigo yang memulihkan kekuasaan di tangan kaisar. Kaisar Go-Daigo akhirnya digulingkan Ashikaga Takauji pada 1336. Keshogunan Ashikaga gagal membendung kekuatan penguasa militer dan tuan tanah feodal (daimyo) dan pecah perang saudara pada tahun 1467 (Perang Ōnin) yang mengawali masa satu abad yang diwarnai peperangan antarfaksi yang disebut masa negeri-negeri saling berperang atau periode Sengoku.
Gambar1 : Sekelompok orang-orang Portugis dari periode Nanban, abad ke-17
Gambar2 : Salah satu kapal segel merah Jepang (1634) yang dipakai berdagang di Asia
Pada abad ke-16, para pedagang dan misionaris Serikat Yesuit dari Portugal tiba untuk pertama kalinya di Jepang, dan mengawali pertukaran perniagaan dan kebudayaan yang aktif antara Jepang dan Dunia Barat (Perdagangan dengan Nanban). Orang Jepang menyebut orang asing dari Dunia Barat sebagai namban yang berarti orang barbar dari selatan.
Oda Nobunaga menaklukkan daimyo-daimyo pesaingnya dengan memakai teknologi Eropa dan senjata api. Nobunaga hampir berhasil menyatukan Jepang sebelum tewas terbunuh dalam Peristiwa Honnōji 1582. Toyotomi Hideyoshi menggantikan Nobunaga, dan mencatatkan dirinya sebagai pemersatu Jepang pada tahun 1590. Hideyoshi berusaha menguasai Korea, dan dua kali melakukan invasi ke Korea, namun gagal setelah kalah dalam pertempuran melawan pasukan Korea yang dibantu kekuatan Dinasti Ming. Setelah Hideyoshi wafat, pasukan Hideyoshi ditarik dari Semenanjung Korea pada tahun 1598.
Sepeninggal Hideyoshi, putra Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk mengumpulkan dukungan politik dan militer dari daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan klan-klan pendukung Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan militer yang didirikan Ieyasu di Edo (kini Tokyo) disebut Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan misionaris Katolik, dan melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropa. Hubungan perdagangan dibatasi hanya dengan pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga menjalankan berbagai kebijakan seperti undang-undang buke shohatto untuk mengendalikan daimyo di daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mulai menjalankan kebijakan sakoku ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut periode Edo. Walaupun menjalani periode isolasi, orang Jepang terus mempelajari ilmu-ilmu dari Dunia Barat. Di Jepang, ilmu dari buku-buku Barat disebut rangaku (ilmu belanda) karena berasal dari kontak orang Jepang dengan enklave orang Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada periode Edo, orang Jepang juga memulai studi tentang Jepang, dan menamakan "studi nasional" tentang Jepang sebagai kokugaku.
Zaman Modern
Pada 31 Maret 1854, kedatangan Komodor Matthew Perry dan "Kapal Hitam" Angkatan Laut Amerika Serikat memaksa Jepang untuk membuka diri terhadap Dunia Barat melalui Persetujuan Kanagawa. Persetujuan-persetujuan selanjutnya dengan negara-negara Barat pada masa Bakumatsu membawa Jepang ke dalam krisis ekonomi dan politik. Kalangan samurai menganggap Keshogunan Tokugawa sudah melemah, dan mengadakan pemberontakan hingga pecah Perang Boshin tahun 1867-1868. Setelah Keshogunan Tokugawa ditumbangkan, kekuasaan dikembalikan ke tangan kaisar (Restorasi Meiji) dan sistem domain dihapus. Semasa Restorasi Meiji, Jepang mengadopsi sistem politik, hukum, dan militer dari Dunia Barat. Kabinet Jepang mengatur Dewan Penasihat Kaisar, menyusun Konstitusi Meiji, dan membentuk Parlemen Kekaisaran. Restorasi Meiji mengubah Kekaisaran Jepang menjadi negara industri modern dan sekaligus kekuatan militer dunia yang menimbulkan konflik militer ketika berusaha memperluas pengaruh teritorial di Asia. Setelah mengalahkan Cina dalam Perang Sino-Jepang dan Rusia dalam Perang Rusia-Jepang, Jepang menguasai Taiwan, separuh dari Sakhalin, dan Korea.
Gambar : Pencakar langit di Shinjuku, Tokyo
Pada awal abad ke-20, Jepang mengalami "demokrasi Taisho" yang dibayang-bayangi bangkitnya ekspansionisme dan militerisme Jepang. Semasa Perang Dunia I, Jepang berada di pihak Sekutu yang menang, sehingga Jepang dapat memperluas pengaruh dan wilayah kekuasaan. Jepang terus menjalankan politik ekspansionis dengan menduduki Manchuria pada tahun 1931. Dua tahun kemudian, Jepang keluar dari Liga Bangsa-Bangsa setelah mendapat kecaman internasional atas pendudukan Manchuria. Pada tahun 1936, Jepang menandatangani Pakta Anti-Komintern dengan Jerman Nazi, dan bergabung bergabung bersama Jerman dan Italia membentuk blok poros pada tahun 1941
Pada tahun 1937, invasi Jepang ke Manchuria memicu terjadinya Perang Sino-Jepang Kedua (1937-1945) yang membuat Jepang dikenakan embargo minyak oleh Amerika Serikat Pada 7 Desember 1941, Jepang menyerang pangkalan Angkatan Laut Amerika Serikat di Pearl Harbor, dan menyatakan perang terhadap Amerika Serikat, Kerajaan Bersatu, dan Belanda. Serangan Pearl Harbor menyeret AS ke dalam Perang Dunia II. Setelah kampanye militer yang panjang di Samudra Pasifik, Jepang kehilangan wilayah-wilayah yang dimilikinya pada awal perang. Amerika Serikat melakukan pengeboman strategis terhadap Tokyo, Osaka dan kota-kota besar lainnya. Setelah AS menjatuhkan bom atom di Hiroshima dan Nagasaki, Jepang akhirnya menyerah tanpa syarat kepada Sekutu pada 15 Agustus 1945 (Hari Kemenangan atas Jepang).
Perang membawa penderitaan bagi rakyat Jepang dan rakyat di wilayah jajahan Jepang. Berjuta-juta orang tewas di negara-negara Asia yang diduduki Jepang di bawah slogan Kemakmuran Bersama Asia. Hampir semua industri dan infrastruktur di Jepang hancur akibat perang. Pihak Sekutu melakukan repatriasi besar-besaran etnik Jepang dari negara-negara Asia yang pernah diduduki Jepang. Pengadilan Militer Internasional untuk Timur Jauh yang diselenggarakan pihak Sekutu mulai 3 Mei 1946 berakhir dengan dijatuhkannya hukuman bagi sejumlah pemimpin Jepang yang terbukti bersalah melakukan kejahatan perang.
Pencakar langit di Shinjuku, Tokyo
Pada tahun 1947, Jepang memberlakukan Konstitusi Jepang yang baru. Berdasarkan konstitusi baru, Jepang ditetapkan sebagai negara yang menganut paham pasifisme dan mengutamakan praktik demokrasi liberal. Pendudukan AS terhadap Jepang secara resmi berakhir pada tahun 1952 dengan ditandatanganinya Persetujuan San Francisco. Walaupun demikian, pasukan AS tetap mempertahankan pangkalan-pangkalan penting di Jepang, khususnya di Okinawa. Perserikatan Bangsa-Bangsa secara secara resmi menerima Jepang sebagai anggota pada tahun 1956.
Seusai Perang Dunia II, Jepang mengalami pertumbuhan ekonomi yang pesat, dan menempatkan Jepang sebagai kekuatan ekonomi terbesar nomor dua di dunia, dengan rata-rata pertumbuhan produk domestik bruto sebesar 10% per tahun selama empat dekade. Pesatnya pertumbuhan ekonomi Jepang berakhir pada awal tahun 1990-an setelah jatuhnya ekonomi gelembung.